1、外形区别
木瓜树为灌木或者小乔木，高可达5-10米。小枝在初期时颜色为紫红色，有毛，两年后生枝无毛，变为紫褐色，冬芽为半圆形，先端较圆钝。
木瓜海棠属于落叶灌木后至小乔木，高为2-6米。小枝颜色为紫褐色，无毛。冬芽为三角卵形，先端为急尖。
2、叶片区别
木瓜树的叶片为椭圆卵形或者椭圆长圆形，很少部分为倒卵形，初期时下面有很多黄白色绒毛，不久之后将脱落干净。
木瓜海棠的叶片为椭圆形或者披针形后至倒卵披针形，初期时上面无毛，下面有褐色绒毛，以后也会脱落几乎无毛。
3、果实区别
木瓜树果实形状为长椭圆形，颜色为暗黄色。而木瓜海棠的果实为卵球形或者接近圆柱形，颜色为黄色表层带有一点红晕。