微量元素肥料即作基肥、种肥或追肥时把微量元素肥料施入土壤。这种施法虽然肥料的利用率较低，但有一定的后效。含微量元素的工业废弃物和缓效性微肥常采用这种施肥方法。
微量元素包括硼、锌、钼、铁、锰、铜等营养元素。虽然植物对微量元素的需要量很少，但它们对植物的生长发育的作用与大量元素是同等重要的，当某种微量元素缺乏时，作物生长发育受到明显的影响，产量降低，品质下降。另一方面，微量元素过多会使作物中毒，轻则影响产量和品质，严重时甚至危及人畜健康。随着作物产量的不断提高和化肥的大量施用，对微量元素肥料的施用逐渐迫切。在微量元素肥料中，通常以铁、锰、锌、铜的硫酸盐、硼酸、钼酸及其一价盐应用较多。