1、概念不同，业务活动成本是指民间非营利组织为了实现其业务活动目标、开展其项目活动或者提供服务所发生的费用。管理费用，是指民间非营利组织为组织和管理其业务活动所发生的各项费用。
2、性质不同，业务活动成本属于民间非营利组织营业成本性质，类似于企业的主营业务成本、制造费用，按照项目或服务的不同分别核算、归集。管理费用属于期间费用，不需要按项目类别核算，按照实际发生的相关费用明细核算即可。
3、核算内容不同，业务活动成本包含民间非营利组织从事的项目、提供的服务或者开展的业务的全部相关费用。比如项目直接成本、项目人员工资、福利费等、社会保险费等。管理费用包括民间非营利组织董事会（或者理事会或者类似权利机构）经费和行政管理人员的工资、奖金、住房公积金、住房补贴、社会保障费、离退休人员工资与补助，以及办公费、水电费、邮电费、物业管理费、差旅费、折旧费、修理费、租赁费、无形资产摊销费等。
4、核算科目不同，业务活动成本核算科目“业务活动成本”。如果民间非营利组织从事的项目、提供的服务或者开展的业务种类较多，民间非营利组织应当在“业务活动成本”项目下分别项目、服务或者业务大类进行核算。管理费用核算科目“管理费用”，管理费用项下费用较多，应按照费用不同设置明细分类账进行核算。