妹妹叫姐姐的孩子应该称呼外甥或者外甥女。
在区分家族称谓的时候，自己的子辈如果跟自己拥有同一个姓氏，可以称呼为侄子或者侄女，如果不跟自己一个姓氏，则需要称呼为外甥或者外甥女，在个别地方也会叫做外侄子或者外侄女。
亲属称谓指的是以自己为中心来确定亲族成员和本人关系的名称，这是基于血亲姻亲基础上的，各亲属之间相互称呼的名称或者叫法。在以自己为轴心确定亲属与本人的关系时，比自己长一辈的称呼有姨母、姑姑、舅舅和叔伯，同辈的有兄、弟、姐和妹，下一辈的则是外甥和侄子。
家族的亲属关系可以分为血亲关系和姻亲关系，血亲关系是以具有共同祖先为特征的亲属关系，根据血亲关系的亲疏远近，又被分为直系血亲和旁系血亲；而姻亲关系则是以婚姻关系为中介而产生的亲属关系。姐姐和外甥女或者外甥跟自己是血亲关系中的旁系血亲关系，而姐夫跟自己则是姻亲关系。
其实，在称呼自己姐姐的孩子的时候，可以不按照亲属称谓来称呼，直接称呼对方姓名也是可以的。