1、南瓜与其他葫芦科植物一样，根系生长迅速，南瓜的根系在瓜类中是最强大的，一株根系总长可达25千米。南瓜种子发芽长出直根后，以每日生长2.5厘米的速度扎入土中，一般直根深60厘米左右，最深可达2米左右，直根分生出许多一次、二次、三次和四次侧根。一次侧根有20余条，一般长50厘米左右，最长可达140厘米。由一次侧根再分生出侧根，侧根每天可伸长6厘米，形成强大的根群。南瓜主要根群分布在10~40厘米的耕层中，在根系发育最旺盛时可占10立方米的土壤体积。由于南瓜根系强大，在旱地或瘠薄的土壤中，也能正常地生长发育，并获得较高的产量。
2、南瓜在播种后25~30天，侧根分布的半径可达85~135厘米，播种后42天，直根深达75厘米，在地表以下45厘米的范围内，许多侧根向水平方向伸展，其长可达40~75厘米。因其根系强大，所以吸水和吸肥的能力都较强，而对土壤要求则不甚严格。但南瓜的根系不耐移栽，在干旱地区栽培以直播为宜；早熟栽培育苗时，苗龄不宜过大，以免移栽时伤根、断根大多而妨碍幼苗生长。
3、南瓜的根可以利湿热；通乳汁。主治湿热淋证；黄疸；痢疾；乳汁不通。