5月16日，全国内地11个省份有非典型肺炎病例报告，其中6个省份报告有新增临床诊断病例和疑似病例，1个省份报告有新增临床诊断病例，4个省份报告有新增疑似病例。其余20个省份报告没有新的病例。截至5月16日10时，报告有疫情的省份为25个。海南、贵州、云南、西藏、青海、新疆6个省份未发现疫情。在报告有疫情的省份中，黑龙江没有临床诊断病例报告;累计临床诊断病例在10例以内的省份有安徽、甘肃、上海、江苏、湖北、湖南;累计临床诊断病例在5例以内的省份有宁夏、浙江、辽宁、福建、重庆、江西、山东。湖南、福建、山东连续20天以上没有新增临床诊断病例报告,广西连续14天没有新增临床诊断病例报告，宁夏连续13天没有新增临床诊断病例报告，江西连续12天没有新增临床诊断病例报告，湖北连续10天没有新增临床诊断病例报告，河南、重庆连续9天没有新增临床诊断病例报告，浙江连续8天没有新增临床诊断病例报告，陕西连续7天没有新增临床诊断病例报告，上海、安徽连续6天没有新增临床诊断病例报告，江苏、甘肃连续5天没有新增临床诊断病例报告。
5月15日10时至5月16日10时，全国内地共报告新增非典型肺炎临床诊断病例39例(其中29例为疑似病例转为临床诊断病例)，治愈出院89例，死亡4例。临床诊断病例中，北京28例(其中22例为疑似病例转为临床诊断病例)，治愈出院16例，死亡1例;天津3例(其中2例为疑似病例转为临床诊断病例)，治愈出院2例，死亡1例;河北2例(全部为疑似病例转为临床诊断病例)，治愈出院3例，死亡1例;山西1例(为疑似病例转为临床诊断病例)，治愈出院37例;内蒙古无新增临床诊断病例，治愈出院13例;吉林1例，治愈出院1例;上海死亡1例;安徽治愈出院2例;广东2例，治愈出院11例;广西治愈出院1例;四川2例(全部为疑似病例转为临床诊断病例)，治愈出院1例;陕西治愈出院1例;甘肃治愈出院1例。截至5月16日10时，全国内地累计报告非典型肺炎病例5191例(其中医务人员952例)，累计治愈出院1947例，死亡275例。目前在医院接受治疗的患者为2969例。
5月15日10时至5月16日10时，各地报告新增非典型肺炎疑似病例94例。其中北京43例;天津3例;河北10例;山西18例;内蒙古3例;上海、四川、陕西各2例;江苏1例;广东10例。
5月15日10时至5月16日10时，各地还报告排除疑似病例170例，其中北京73例;广东57例;山西18例;天津、陕西各5例;内蒙古4例;河北、重庆各2例;四川、河南、甘肃、浙江各1例。截止5月16日10时，全国内地非典型肺炎疑似病例合计为2173例。