1、从概念上讲,部门”和单位”各自的定义不同：单位和部门从概念本身而言，单位指某个独立的组织或机构，部门指独立组织的某功能部分；
2、从性质上讲，部门”和单位”性质不同：单位是相对与个人而言的，单位一般是度法人,是一个比较完整的、相对独立的社会组织。而通常所说的部门是若干个性质相同或相似的某一类单位，当然部门也可以指一个单位内部的工作机构，也指政府的工作部门内，如交通部、人事部等。
3、从范围上讲，部门”和单位”各自的范围不同：单位范围很广，不仅包括职能部门，也包括各级人民政府本身，还包括各级人民政府或职能部门的派出机构。严格地说，在国家机关中，部门是指各级人民政府的职能机构，如公安局有时称公安部门、工商局有时称工商部门等等。是履行法律赋予的一方面职权的机构，是政府的一个组成部分。不过，部门”容和单位”没有绝对的大小比较，都是相对而言的。有的部门下设的单位比较多，有的部门下设的单位比较少；反之有的单位是由很多部门构成，有的单位则是由较少的部门构成。