百年老株牡丹若秋季管理得好，能保证来年开花及时，花大花多。因此，秋季管理要注意以下几方面：
一、肥水管理
老株牡丹由于木质层和纤维层薄，输送水分和养分相应较慢，故追施肥料不能过浓，必须薄肥勤施，更不得浓液追施。秋冬以干为宜，不得灌大水。水多肥浓，牡丹的肉质根系吸收不了，会损伤根系，来年叶片黄化，无花可开，长时间下去会导致植株死亡。
进入秋季，肥水减半，由夏季追施无机肥及有机肥转为以复合肥为主，其后有机肥缓施或停止使用。因牡丹是秋季发根，若花芽分化期、孕育期没有发达的根系，很难保证来年如期开花。
进入秋季，地面湿度大，难以追施其他肥液，追施复合肥最理想。秋季补足肥源，促发牡丹根系健壮发育，使枝干增粗，准备足够的营养，供孕育花蕾。
由秋季转入冬季，必须控制肥水，以少量饼肥或微生物肥为主(豆饼、小鱼、小虾、贝类)，离根部30厘米左右挖坑追施，疏松土质。由于牡丹耐旱耐寒性强，如果不严控肥水，晚秋、初冬时气温下降，会促进现蕾长叶，遇到突发寒流会冻坏花蕾，影响来年开花。所以，秋冬肥水管理中物候观察尤为重要。
二、清园修剪
进入冬季，牡丹叶片停止生长，处理休眠期。老株牡丹休眠比一般牡丹要早1周左右，枯叶落地，若秋季雨多，地面湿度大，枯叶覆盖地面，必须及时清园，扫清所有枯叶，集中处理，以减少来年灰霉病、褐斑病的发生。还要清理好沟槽及排水系统，防止冬季雨雪过多，使牡丹安全越冬。
必须及时剪去病虫枝、重叠枝、并生枝、细弱枝、衰老枝、向内生长枝及徒长枝，通过疏剪、短截、除蘖延长牡丹的寿命。让牡丹通风透光，不易孳生病虫害，能保证树势不衰，枝粗叶茂。
三、翻土
进入冬季，翻挖土层，使表层土和深层土调换，连续几次翻晒使土壤疏松透气。清除杂草，消灭虫卵，把追施的有机肥、复合肥、微生物肥等残留部分调拌均匀再用，减少病虫害。